环境演变与自然灾害教育部重点实验室管理机构由学术委员会与实验室日常管理人员组成。学术委员会是实验室的学术方向、科研项目与成果的评估与咨询机构，学术委员会每年召开一次会议，在总结评估年度工作的同时，对下一年度的工作给予指导；实验室管理人员是实验室执行日常工作的管理机构，由实验室主任全面负责实验室的运行。